Неналежне виконання Мінфіном функції контролю на етапі узгодження кошторису Національного агентства, зволікання з початком діяльності агентства, а також - неукомплектованість штату призвели до утворення значної економії фонду оплати праці і істотних диспропорцій в умовах оплати праці працівників агентства у порівнянні із запланованими.
Як зазначається у звіті Рахункової палати за 27 вересня 2017 року, агентство в 2016 році на зарплату співробітників витратило річний бюджет за вісім місяців роботи. Тобто, якщо, за попередніми розрахунками, середньомісячна заробітна плата працівників апарату НАЗК на 2016 рік мала становити 25,5 тис. грн, то фактична становила 47,6 тис. грн. Тобто фактично в 1,9 разу перевищувала заплановану.
При цьому працівники нижчої ланки НАЗК в середньому отримували від 10,3-10,5 тис. грн на місяць, а керівник апарату - до 79 тис. грн на місяць, йдеться у звіті Рахункової палати. При цьому перевірка встановила, що через відсутність нормативних обмежень в агентстві виписувалися величезні премії.
Розмір премій в антикорупційному відомстві коливався в залежності від посади та пори року. Так 25-200% посадового окладу виплачувалося працівникам додатково в червні, а 10-450 відс. - в грудні 2016 року.
Також у звіті Рахункової палати має бути зазначено, що в 2016 році середньомісячна заробітна плата голови НАЗК Наталії Корчак склала 143,6 тис. грн, її заступника - 122,9 тис. грн, а інших членів НАЗК по 104,5 і 108,2 тис. гривень.
При цьому в звіті Рахункової палати зазначається, що можливості для оцінки ефективності роботи НАЗК, а відповідно - і таких величезних витрат державних грошей, відсутні. У самому агентстві її визначають за "показниками кількості обробленої кореспонденції, звернень, заяв, запитів на публічну інформацію, скарг громадян у розрахунку на одного працівника".
При цьому законодавчо взагалі не визначено, яким чином будуть оцінюватися результати основної функції НАЗК - запобігання і виявлення корупції, йдеться у звіті Рахункової Палати.